Положение определяет полномочия и структуру ФМБА России, которое является федеральным органом исполнительной власти, руководство деятельностью которого осуществляет Президент Российской Федерации.
ФМБА России осуществляет функции по нормативно-правовому регулированию в сфере медико-санитарного обеспечения работников отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда, по организации медико-биологического обеспечения спортсменов спортивных сборных команд Российской Федерации, по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере здравоохранения, по оказанию медицинской помощи, по организации деятельности службы крови, по федеральному государственному контролю (надзору) за обеспечением безопасности донорской крови и её компонентов, по проведению федерального государственного санитарно-эпидемиологического контроля (надзора) в организациях отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда и на отдельных территориях Российской Федерации (включая объекты и территории закрытых административно-территориальных образований, территории с опасными для здоровья человека физическими, химическими и биологическими факторами), а также функции по медико-санитарному обеспечению работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий (включая оказание услуг в сфере курортного дела, организацию судебно-медицинской и судебно-психиатрической экспертиз, трансплантацию органов и тканей человека), по организации медико-социальной экспертизы работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий, по организации и проведению медико-санитарных мероприятий по предупреждению, локализации и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций, связанных с радиационными, химическими и биологическими инцидентами, авариями и террористическими актами, по проведению медико-санитарных мероприятий в зонах боевых действий и на прилегающих к ним территориях.
В структуру ФМБА России входят центральный аппарат (до 15 управлений по основным направлениям деятельности), а также территориальные органы и подведомственные организации.
